Simposio Internacional del 20 aniversario de la LCG: Presentaciones

Love (for viruses) in the Times of COVID

Daniel Blanco Melo
Miércoles 30 de agosto 11:30

Con alrededor de 700 millones de casos confirmados y alrededor de 7 millones de muertes, la pandemia de COVID-19 ha marcado la historia del siglo XXI y definirá como debemos de actuar ante próximos brotes virales. En un tiempo récord, científicos de todo el mundo trabajaron incesantemente por comprender la biología del SARS-CoV-2 y desarrollar terapias y vacunas para contrarrestar sus efectos. Sin embargo, a más de tres años de los primeros reportes de esta enfermedad, la pandemia continua y las secuelas de su infección son evidentes. En esta platica narrare mis experiencias durante la pandemia, ahondando en distintos estudios enfocados a comprender las diversas respuestas que el organismo monta a infecciones por SARS-CoV-2, y culminando con una perspectiva de como la investigación y la comunicación en virología deben de adecuarse a la nueva realidad.

Defining the Role of Powassan Virus in Evading Host Antiviral Immunity

Melissa Molho
Miércoles 30 de agosto 12:10. Ponencia virtual

Los flavivirus son virus de ARN de cadena positiva envueltos compuestos por varios patógenos humanos que representan una morbilidad y mortalidad significativas en todo el mundo. El virus Powassan (POWV) es un flavivirus neurotrópico emergente transmitido por garrapatas, endémico en América del Norte. La infección por POWV es fatal en el 10-15% de los casos que presentan síntomas neurológicos y la mitad de los que sobreviven a la enfermedad neurológica tienen problemas a largo plazo. Actualmente, no existen tratamientos antivirales específicos ni vacunas aprobadas para POWV, lo que subraya la importancia de descifrar los mecanismos celulares que controlan este virus. En este trabajo descubrimos que la proteína POWV NS5 inhibe la expresión de los promotores IFN-β e ISRE, lo que indica un papel en la antagonización de la señalización de interferón tipo I. Además, POWV NS5 inhibe la fosforilación de TYK2 y STAT1 en respuesta a IFN-β. Además, realizamos un análisis transcriptómico para identificar cambios en la expresión génica durante la infección. Observamos una regulación positiva significativa de los interferones de tipo III (IFN-λ) y varios ISG que no se habían estudiado previamente en la infección por POWV. Para complementar estos estudios, también hemos utilizado un enfoque proteómico para identificar cambios en el proteoma de la célula huésped durante la infección. Juntos, estos datos definirán los mecanismos específicos del virus y del huésped que controlan la infección por POWV.

Congenial CMV transmission dynamics and immune selection

Diana Vera Cruz
Miércoles 30 de agosto 12:35. Ponencia virtual

La infección por el citomegalovirus humano (HCMV) es la principal causa no genética de defectos congénitos a nivel mundial. Si bien varios estudios han abordado la composición genética de las poblaciones virales en recién nacidos diagnosticados con HCMV, se sabe poco acerca de las dinámicas de transmisión viral de madre a hijo y el efecto de intervenciones terapéuticas en las poblaciones virales. Investigamos cómo anticuerpos preexistentes específicos a CMV moldean la población viral materna y la transmisión viral intrauterina. Específicamente, caracterizamos la composición genética de las poblaciones de CMV en un modelo de mono de infección congénita por rhesus CMV (RhCMV) para examinar los efectos de infusion con anticuerpos de alta afinidad en la genética de poblaciones virales en los tejidos maternos y fetales. Muchos de los haplotipos identificados se detectaron en varios intervalos de tiempo y en multiples tejidos, lo que indica persistencia de los haplotipos a lo largo del tiempo y transmission entre los tejidos maternos. Aun cuando la presencia de anticuerpos maternos reduce la carga viral y la infección congénita, no se observo un impacto aparente en la diversidad genética intrahospedera en los loci investigados. Finalmente, se identificaron haplotipos de baja frequencia en tejidos fetales y en la interfaz materno-fetal, presentes también en los tejidos maternos en uno de individuos tratados con anticuerpos. Esto sugiere un cuello de botella relajado en la transmission de CMV de madre a feto.

Human virome and phage therapy against antibiotic resistant bacteria

Ana Georgina Cobián Güemes
Miércoles 30 de agosto 13:00. Ponencia virtual

Las bacterias resistentes a los antibióticos presentan un desafío emergente para la salud humana, ya que la presión ejercida sobre el mundo microbiano a través del uso liberal de antibióticos ha resultado en su aparición en todo el mundo. Las bacterias que adquieren elementos genéticos móviles, como los plásmidos, son especialmente preocupantes porque esos plásmidos pueden compartirse fácilmente con otros microbios que luego también pueden volverse resistentes a los antibióticos. Recientemente, se han relacionado infecciones graves con la contaminación de gotas para los ojos sin conservantes con aislamientos de Pseudomonas aeruginosa extremadamente resistentes a los medicamentos (XDR), lo que ya ha provocado tres muertes. Estos aislamientos resistentes a los medicamentos no se pueden controlar con la mayoría de los antibióticos convencionales. Buscamos identificar alternativas a los antibióticos convencionales para la lisis de estos aislamientos XDR e identificamos múltiples bacteriófagos (virus que atacan a las bacterias) que los mataron de manera eficiente. Encontramos tanto fagos jumbo (>200 kb en el tamaño del genoma) como fagos no jumbo que eran activos contra estos aislados, los primeros mataban de manera más eficiente. Los fagos jumbo mataron de manera efectiva los 3 aislamientos separados de P. aeruginosa XDR tanto en medio sólido como líquido. Dada la naturaleza continua del brote de colirio XDR P. aeruginosa, la identificación de fagos activos contra ellos proporciona a los médicos varias alternativas potenciales novedosas para el tratamiento.

Acute infection response on the early human placenta at single cell resolution

Elias Rafael Ruiz Morales
Miércoles 30 de agosto 13:25. Ponencia virtual

La placenta actúa como una barrera entre la madre y el feto, proporcionando nutrición y protección contra infecciones. Sin embargo, ciertos patógenos pueden adherirse e incluso cruzar la placenta, causando complicaciones en el embarazo que pueden tener impactos de por vida en la salud del infante. Aquí, optimizamos explants placentarios ex vivo para crear el primer atlas de celular de infecciones placentarias durante el embarazo temprano, centrándonos en tres patógenos asociados con complicaciones intrauterinas: Plasmodium falciparum, Listeria monocytogenes y Toxoplasma gondii. Los macrófagos placentarias y los trofoblastos, las células epiteliales especializadas de la placenta, desencadenan una respuesta inflamatoria que puede comprometer la función placentaria. Además, caracterizamos las respuestas distintas de los macrófagos placentarias fetales a T. gondii y sugerimos un posible papel de estas células en la transmisión de T. gondii a la circulación fetal. En conjunto, nuestros hallazgos arrojan nueva luz sobre las vías de propagación de patógenos y las respuestas inflamatorias iniciales, lo que podría contribuir a complicaciones en el embarazo relacionadas con infecciones.

History of tuberculosis disease is associated with genetic regulatory variation in Peruvians

Víctor Eduardo Nieto Caballero
Miércoles 30 de agosto 13:40. Ponencia virtual

La enfermedad de la tuberculosis (TB) es una de las principales causas de muerte en todo el mundo y se estima que una cuarta parte de la humanidad está infectada de forma latente con Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Sin embargo, solo existe un 5-10% de riesgo de desarrollar la enfermedad de tuberculosis (TB) después de la infección. La variabilidad en las respuestas a la infección por Mtb podría deberse a la heterogeneidad del huésped o del patógeno; el enfoque de esta charla será la variación genética del huésped en una población peruana y sus asociaciones con la regulación génica en macrófagos derivados de monocitos (MP) y células dendríticas (DC). Al integrar el genotipo y el perfil transcriptómico de células dendríticas y macrófagos derivados de monocitos, medimos el impacto de las variantes genéticas en la expresión génica identificando loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL), encontrando cinco genes en DC que mostraron interacción entre las variantes de eQTL y el estado de progresión de la TB. Uno de ellos implicado en el catabolismo de la tirosina de los mamíferos. En general, nuestro estudio demuestra los efectos de la variación genética específica del tipo de célula en la expresión génica que dependen del historial de enfermedades infecciosas y destaca un mecanismo patogénico candidato a través de genes de respuesta a patógenos.

Wastewater epidemiology and the future of public health

Mariana Matus
Jueves 31 de agosto 09:00

Between the ongoing impacts of climate change, increased global mobility and greater proximity between humans and animals, public health challenges will only grow more complex and severe in the years to come. To better anticipate the next pandemic or biothreat, governments need to invest sustained resources into national and international public health systems that include innovative approaches to disease monitoring, like wastewater intelligence. Wastewater intelligence provides inclusive data on disease burden and trends, and can help communities prepare and get ahead of future outbreaks.

Morir o no morir? Esa es la pregunta: Sparcle, un nuevo ARN largo no codificante necesario para la apoptosis

Karla Fabiola Meza Sosa
Jueves 31 de agosto 09:45

Los ARNs no codificantes (ncRNAs) son mediadores clave de la función del supresor de tumores p53. Células de cáncer colorrectal humano, HCT116, nulas para miR-34b/c (miR-34bc-KO) muestran una reducción importante en la apoptosis comparable a la de células deficientes para p53 (p53-KO). Sin embargo, no presentan alteración de su ciclo celular en respuesta a estrés genotóxico. Inesperadamente, el defecto en la apoptosis de las células miR-34bc-KO no se debe a la pérdida de estos microARNs, ya que su sobreexpresión no restaura el fenotipo en presencia de daño a ADN. Al estudiar a detalle el locus de miR-34b/c, identificamos un ARN largo no codificante (lncRNA) no caracterizado que nombramos SPARCLE (Suicidal PARP1 Cleavage Enhancer). SPARCLE es un lncRNA nuclear inducido por p53 y sobreexpresarlo es suficiente para rescatar el defecto apoptótico de las células miR-34bc-KO. En condiciones basales, SPARCLE no se expresa, mientras que 48 horas después de inducir estrés genotóxico, su expresión aumenta a unas pocas copias por célula.

Epitranscriptómica y el descubrimiento de una nueva metil-transferasa

David Valle
Jueves 31 de agosto 10:15

En los últimos años se ha demostrado que las modificaciones del ARN juegan un papel importante en su regulación y función biológica. Una de las modificaciones más abundantes es la N6,2-O-dimetiladenosina o m6Am. A pesar de que la modificación m6Am se descubrió en 1975, hasta hace muy poco tiempo no se había descrito la enzima responsable de catalizarla. Utilizando una aproximación evolutiva, demostramos que la m6Am es una modificación conservada en distintos organismos, y que es mediada por la metiltransferasa, previamente no caracterizada, PCIF1 (Phosphorylated CTD Interacting Factor 1). Adicionalmente, utilizando sistemas in vitro e in vivo, mostramos que PCIF1 cataliza sólo la metilación de las adeninas ubicadas en el extremo 5’ de los ARNs y que su acción depende de la presencia del CAP, además de que no es capaz de metilar adeninas en otras posiciones. Para estudiar la relevancia biológica de la m6Am desarrollamos una técnica nueva y robusta que nombramos m6Am-Exo-Seq, la cual permite determinar de forma global qué transcritos poseen dicho tipo de metilación. De manera interesante, nuestro estudio global demostró que la m6Am está presente tanto en ARNs codificantes como en ARNs no codificantes. Finalmente, utilizando diversos reporteros, demostramos que la m6Am actúa como un represor transcripcional cuando se encuentra presente en un ARN codificante tanto in vivo como in vitro. Actualmente, estamos interesados en explorar la función de la m6Am en la biología de los ARNs no codificantes y su papel en el desarrollo del glioblastoma.

Epigenetic features observed in TET deficient B cells

Daniela Samaniego
Jueves 31 de agosto 10:45

Enzymes of the TET family are methylcytosine dioxygenases that undergo frequent mutational or functional inactivation in human cancers. Recurrent loss-of-function mutations in TET proteins are frequent in human Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL). Here we investigate the role of TET proteins in B-cell homeostasis and development of B cell lymphomas with features of DLBCL. We show that deletion of Tet2 and Tet3 genes in mature B cells in mice perturbs B-cell homeostasis and results in spontaneous development of germinal center-derived B cell lymphomas with increased G-quadruplexes and R-loops. At a genome-wide level, G-quadruplexes and R-loops were associated with increased DNA double strand breaks at immunoglobulin switch regions. Deletion of the DNA methyltransferase DNMT1 in TET-deficient B cells prevented expansion of germinal center B cells, diminished the accumulation of G-quadruplexes and R-loops, and delayed B lymphoma development, consistent with the opposing functions of DNMT and TET enzymes in DNA methylation and demethylation. CRISPR-mediated depletion of nucleases and helicases that regulate G-quadruplexes and R-loops decreased the viability of TET-deficient B cells. Our studies suggest a molecular mechanism by which TET loss-of-function might predispose to development of B cell malignancies.

Genomes, communities and metagenomes: The interface of Ecology and Evolution in microbial communities

Sur Herrera Paredes
Jueves 31 de agosto 11:45

La vida en la tierra es microbiana. En todos los biomas explorados, los microorganismos, en particular las bacterias, son la forma de vida dominante y sus efectos son determinantes para los ciclos biogeoquímicos del planeta, y para la vida de los demás seres vivos. La enorme diversidad bacteriana que la evolución a producido está marcada, al menos en parte, por las interacciones ecológicas que existen cuando se seleccionan adaptaciones a ambientes específicos. En el laboratorio de ecología y evolución estamos interesados justamente en cómo la estructura ecológica es moldeada y moldea a la evolución bacteriana. Nuestros esfuerzos se centran en 1) el desarrollo de métodos computacionales para el estudio de la diversidad genética bacteriana en comunidades, mediante el análisis de genomas y metagenomas; y 2) la construcción de comunidades bacterianas sintéticas en el laboratorio para entender las reglas de ensamblaje y función mediante análisis genómicos, estadísticos y matemáticos. Ultimadamente, queremos entender cómo las interacciones ecológicas moldean a los procesos evolutivos, y cómo esas mismas interacciones evolucionan.

Molecular cartography of a bacterial syringe

José Eduardo Soto Guzmán
Jueves 31 de agosto 12:25. Ponencia virtual

Metagenomic insights of an archaeal-dominated hypersaline ecosystem

Ana Lucía Gutiérrez Preciado
Jueves 31 de agosto 12:45. Ponencia virtual

In the Danakil depression, Ethiopia, lies a unique site on Earth that is devoid of life due to the harsh chemical conditions found in its waters: the Dallol dome.
However, a few kilometers away, some of these extreme conditions start to diminish, giving us the chance to approximate the limits of life. With milder temperature (~30 C) and pH (4.5-6.5), lie a series of hypersaline lakes that range between 30% and 45% of salinity, the Assale Lake and the Western Canyon Lakes. The waters of these lakes are composed of 80-99% of Archaea, mostly from the Haloarchaea and Nanohaloarchaea lineages. By studying their metagenomes, we’ve observed that metabolism is dominated by the Haloarchaeas, and on a smaller scale, by Bacteroidetes (Salinibacter). We’ve also observed the classical adaptations to salinity by the Haloarchaea as well as for the classical halophile bacteria. However, we’ve found unexpected traits for members of the DPANN and CPR Bacteria.
Finally, by the reconstruction of the Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) of the most abundant lineages, we’ve unveiled two new Archaeal lineages, the Afararchaea (members of the Haloarchaea), and the Asboarchaea (Nanohaloarchaea), which may shed some new light on the evolutionary history of these phyla.

Temporal patterns of viruses in the surface Western English Channel

Luis Manuel Bolaños Avellaneda
Jueves 31 de agosto 13:05. Ponencia virtual

Marine viruses are important drivers of the ecology and evolution of microbial communities. They are key players in the shunt mechanism, which prevents the transfer of microbial particulate organic matter into higher trophic levels by lysing and recycling the organic matter. Despite their significance in marine ecosystems, few studies have analysed the temporal abundance patterns of viruses and their relationship with environmental perturbations and host organisms. Here we use viral fraction metagenomes (viromes) obtained from a monthly time-series spanning more than two years (November 2018 – July 2021) in the surface layer of the Western English Channel to provide an inter-seasonal characterization of the viral community and its genomic contents. To identify genomic patterns among viruses displaying similar temporal patterns, we developed a combination of unsupervised and supervised machine learning strategies. This method defines a representative collection of temporal patterns and then use it to classify the full dataset. The objective of this bioinformatic strategy is to provide a de novo classification of viral genomes into “chrono-types” based on their temporal profiles. We aim to test whether these chrono-types share genomic features that could explain their interactions with their hosts and the environment. Furthermore, this method of temporal classification can potentially be applied to other relevant molecular datasets of time-series, such as amplicon surveys or metatranscriptomes.

Pooled optical screening in Bacteria using genetically expressed barcodes

Daniela Azucena García Soriano
Jueves 31 de agosto 13:25. Ponencia virtual

Pooled optical screening has become an important tool to study dynamic phenotypes for libraries of genetically engineered cells. However, the desired engineering often requires that the barcodes used for in situ genotyping are expressed from the chromosome, which has not been possible in bacteria. Here we describe a method for in situ genotyping of libraries with genomic barcodes in E. coli. The method is applied to measure the intracellular maturation time of 85 red fluorescent proteins

Exploring the antifungal potential of bacterial isolates from the skin of axolotls and frogs through genome mining

Francisco Maximiliano González Serrano
Jueves 31 de agosto 13:45

Research on fungal pathogenesis is a wide field that encompasses basic research on host-pathogen interactions, cell and molecular biology, and the exploration of new antifungal compounds. Chytridiomycosis is a cutaneous disease that affects amphibians. It is caused mainly by Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), a world-wild extended fungal pathogen. Some amphibian populations have shown to be tolerant or resistant to the fungal infection. One of the possible explanations behind this is the antifungal cutaneous microbiota. The bacteria can produce secondary metabolites that inhibit Bd growth. 
Unveiling the secondary metabolites implicated is a complex and expensive cost task. Nonetheless, genome mining represents a good strategy for looking into the potential production of secondary metabolites in bacterial genomes.

Here we analyzed 68 bacterial genomes isolated from the skin of frogs and axolotls: Agalychnis callidryas, Craugaster fitzingeri, Dendropsophus ebraccatus, and Ambystoma altamirani. This collection, comprised of in vitro-tested Bd antifungal isolates spanning over 15 different genera, presents a significant opportunity for conducting large-scale studies on potential genes associated with the antifungal phenotype.
We discovered a wide array of Biosynthetic Gene Clusters (BGCs) present within the bacterial genomes. The distribution of these BGCs exhibited variation across different bacterial groups and host origins. Certain BGCs identified in this study have also been documented in other antifungal bacteria, including thiopeptides with established antifungal mechanisms that disrupt the chitin-binding of zoospore walls.

We continue analyzing this data. At the moment we can say the diversity of BGCs observed in amphibian skin bacteria suggests a substantial reservoir of genetic potential that could account for their antifungal activity, thereby playing a significant role in safeguarding hosts from pathogens. We advocate for further research into the antifungal capabilities of these isolates to promote ongoing exploration in this area.

Studying the human prefrontal cortex transcriptome at different resolutions

Leonardo Collado Torres
Jueves 31 de agosto 15:00

En el Instituto Lieber para el Desarrollo Cerebral (LIBD), trabajamos para comprender las raíces y las firmas de las enfermedades (en particular, los trastornos psiquiátricos) al ampliar las dimensiones de la actividad genética. Logramos esto mediante el estudio de la expresión génica en todos los niveles de características de expresión (genes, exones, uniones exón-exón y regiones no anotadas) y mediante el uso de diferentes tecnologías de medición de la expresión génica (secuenciación de ARN a granel, sec. de ARN de células/núcleos individuales, y transcriptómica espacial) que proporcionan una mejor resolución biológica y localización de la expresión génica. En esta plática me enfocaré principalmente en nuestros proyectos usando Visium de 10x Genomics para el estudio de transcriptómica espacial en muestras de cerebros humanos.

Multi-scale transcriptional descriptions of heart failure for a tissue-centric understanding of disease

Ricardo O. Ramirez Flores
Jueves 31 de agosto 15:40. Ponencia virtual

A pesar de los altos costos de las tecnologías espaciales y de célula única, actualmente han emergido descripciones multi-escala de tejidos sanos y en enfermedad. Sin embargo, definir diferencias estructurales, organizacionales y moleculares entre tejidos no es una tarea trivial. En esta plática presentaré cómo es que la definición de procesos moleculares multicelulares a partir de datos de transcriptómica pueden ser utilizados como puentes que conectan la información de datos de tejidos completos y de célula única con resolución espacial de múltiples muestras de grupos independientes de pacientes. Particularmente, mostraré cómo el enfoque molecular multicelular nos ha ayudado a entender mejor el remodelado del corazón durante fallos cardíacos causados por múltiples enfermedades iniciales.

A 3D transcriptomics atlas of the mouse nose sheds light on the anatomical logic of smell

Mayra L. Ruiz Tejada Segura
Jueves 31 de agosto 16:05. Ponencia virtual

El sentido del olfato nos ayuda a navegar por el entorno, pero su arquitectura molecular y la lógica subyacente siguen sin estudiarse. Se cree que la ubicación espacial de los genes receptores olfatorios (Olfrs) en la nariz es independiente de la diversidad estructural de las moléculas que detectan. Usando transcriptómica espacial, creamos un atlas transcriptional en 3D de la mucosa olfativa (OM) del ratón. Los mapas topográficos de genes expresados en zonas específicas en este tejido revelan que tanto Olfrs como otros genes se distribuyen de manera continua y superpuesta en al menos cinco zonas amplias en la mucosa olfativa. Las ubicaciones espaciales de Olfrs se correlacionan con la solubilidad en moco de los odorantes que reconocen, proporcionando evidencia directa para la teoría cromatográfica del olfato. Este recurso resuelve la arquitectura molecular de la mucosa olfativa del ratón y servirá de base para estudios futuros sobre los mecanismos subyacentes a la elección de un Olfr por parte de las neuronas olfatorias, la búsqueda de rutas axonales y otros procesos involucrados en el sentido del olfato.

Revelando el microambiente tumoral del melanoma acral a través de la proteómica espacial

C. Daniela Robles Espinoza
Jueves 31 de agosto 16:30

En nuestro laboratorio, nos dedicamos al estudio del perfil genómico de condiciones importantes en México y otros países en América Latina, especialmente el melanoma y enfermedad de hígado graso. En esta plática, hablaré de nuestro proyecto sobre melanoma lentiginoso acral, el cual es el tipo de melanoma más común en México y otros países de América Latina, África y Asia. Sin embargo, su etiología no está relacionada con la exposición a radiación ultravioleta, y sus causas se encuentran activamente bajo investigación. Debido a que ha sido poco estudiado, tiene peor sobrevivencia a 5 y 10 años que otros tipos de melanoma, y no existen opciones específicas para su tratamiento. En esta charla, hablaré de los esfuerzos de nuestro laboratorio para determinar el perfil genómico de este tipo de cáncer y el reciente proyecto de proteómica espacial que iniciamos para el estudio del sistema inmune en estas muestras. Esperamos que en el futuro, este conocimiento pueda ser utilizado para crear mejores opciones de tratamiento para estos pacientes.

Spatially resolved transcriptomic atlas across disease progression in a chronic kidney disease mouse model

Elizabeth Sulvarán Guel
Jueves 31 de agosto 16:55. Ponencia virtual

La enfermedad renal crónica es un conjunto de desórdenes que afectan la estructura, función y fisiología del riñón. Se define como un decline significativo en la tasa de filtración glomerular, una medida del volumen total de sangre filtrado por los riñones por minuto. En la actualidad, las enfermedades renales son la novena causa de muerte de acuerdo a la Organización Mundial de la Salud, siendo la enfermedad renal crónica la causa de más del 99% de estas muertes. A pesar del gran problema de saludo que conlleva esta enfermedad, la investigación en el tema es escasa, y los tratamientos muy limitados, usualmente siendo el transplante y la diálisis las únicas alternativas. El laboratorio del Dr. Benjamin Humphreys en la Universidad de Washington en Saint Louis estudia diversas enfermedades renales desde una perspectiva molecular, entre ellas, la enfermedad renal crónica. Este proyecto se basó en estudiar la expresión genética de riñones de ratón en distintas etapas de enfermedad renal a nivel espacial. Para esto, se utilizaron la plataforma Visium de 10X Genomics y 12 muestras en 5 distintas fases de modelos que simulan la enfermedad mediante cirugías en ratones.

Finding the missing regulatory effects of non-coding risk variants for asthma

Maria Gutierrez-Arcelus
Viernes 1 de septiembre 11:45

Cell-type-specific genetic effects on gene expression mediate autoimmune disease risk

José Alquicira
Viernes 1 de septiembre 12:30

Identification of causal genes for autoimmune disease remains to be a challenge as many genetic variants associated with a phenotype lie in the noncoding region of the genome. These genetic variants are considered to mediate the genotype and phenotype association via regulating intermediate molecules. Gene expression is one of these molecules. Here, we used single cell RNA-sequencing to identify genes mediating autoimmune disease by estimating gene expression heritability from 993 individuals and 1,24 million cells as part of the OneK1K project. By integrating GWAS hits for seven autoimmune diseases with gene expression heritability and single-cell open-chromatin accessibility profiles, we identified genes whose expression were significantly controlled by autoimmune disease risk loci in a cell-type-specific manner. These results provide new genes of interest to elucidate the mechanisms behind autoimmunity.

The rewards and challenges of constructing patient registries in Mexico: learned lessons from three national registries

Alejandra Medina-Rivera
Viernes 1 de septiembre 13:00

Functional genomics points to NK cells as drivers in the pathogenesis of ankylosing spondylitis

Marcos Chiñas
Viernes 1 de septiembre 13:30

Creación y gestión de proyectos financiados por la Comisión Europea

Beatriz Noriega Ortega
Viernes 1 de septiembre 15:00. Ponencia virtual

La ciencia ciudadana es la participación y colaboración del público en actividades científicas, no solo como objetos de estudio (eg. clinical trials), sino con un nivel de participación adecuado a sus intereses y disponibilidad. Campos como la genómica, ecología, astronomía, entre otros se han beneficiado de la ciencia ciudadana por su capacidad de abarcar más espacio y/o más datos en menor tiempo. En mi plática, hablaré sobre mi trabajo relacionado a la gestión y creación de proyectos financiados por la unión europea que tengan un componente de ciencia ciudadana.

De las ciencias -ómicas a la nutrigenomica en nuestro bienestar integral

Estefanía García Ruíz
Viernes 1 de septiembre 15:15

Acompañada de la revolución de las ciencias -ómicas y sus aplicaciones, nos centraremos en el mundo de la genómica nutricional (nutrigenómica y nutrigenética) y la seguridad alimentaria. Daremos una pincelada de cómo lo que comemos influye en la homeostasis celular, alterando la expresión de genes, la producción de proteínas y/o la producción de metabolitos (nutrigenómica) y cómo la variabilidad genética influye en la respuesta del organismo a los nutrientes, aumentando o disminuyendo el riesgo a padecer enfermedades relacionadas con la nutrición (nutrigenética). Finalmente, profundizaremos en la aplicación de la genómica nutricional para potenciar el bienestar integral de las personas, así como su importancia en la docencia, investigación y el emprendimiento en el desarrollo e Innovación de nuevos alimentos funcionales siempre en búsqueda de la salud de las personas y la seguridad alimentaria.

Mi experiencia como editora en Nature Communications

Ilse Valtierra
Viernes 1 de septiembre 15:30. Ponencia virtual

Mi ponencia tratará sobre mi trabajo como editora en Nature Communications: el proceso de selección, revisión y publicación de artículos científicos; la comunicación con autores y revisores; y las interacciones con la comunidad académica. También cubriré brevemente por qué es una opción interesante de carrera y cómo prepararse para aplicar a un puesto editorial.

Unleashing the Power of Recombinant Proteins: Transitioning from Academia to the Realm of Pre-clinical and Clinical Assays

Stephanie Vargas
Viernes 1 de septiembre 15:45. Ponencia virtual

En mi plática hablaré sobre mi trabajo en BrainEver, una compañía que se especializa en el desarrollo de proteinas recombinantes para el tratamiento de múltiples enfermedades neurodegenrativas incluídas Parkinson, ELA, degeneración macular relacionada con la edad y glaucoma. Recientemente obtuvimos la denominación de Orphan Drug por la FDA para el uso de nuestro agente terapéutico y posterior a los estudios toxicológicos que estamos realizando actualmente en primates no humanos, planeamos comenzar pruebas clínicas en el primer trimestre de 2024. Mi proyecto de doctorado dió origen a la rama de la compañía que se especializa en el ALS. Actualmente tengo el título de « Team leader of in vivo studies and lab manager », mi papel es el de supervisar la investigacion y desarrollo de los proyectos relacionados con el analisis precilinico en los modelos animales con los que contamos en el laboratorio y el manejo de todos los pipelines y requerimentos instrumentales y presupuestarios para llevarlos acabo. Me encargo de coordinar a los veterinarios que mantienen nuestras colonias y a los técnicos realizan parte importante del contenido experimental y dirijo estudiantes de todos los niveles que tienen beca mixta para la inclusión de la ciencia en la industria.

De cuatro a veintisiete letras: cómo comunicar la genómica

Agustín Ávila
Viernes 1 de septiembre 16:00

La vida social del ADN es bastante activa. Se encuentra en el imaginario de series y películas. Se ha utilizado para fortalecer una identidad nacional diseñada por el Estado y se ha quedado escondido durante la crisis forense actual ¿Cómo hablar de genómica en un país como México?

Te sigues por Parque Jurásico, a la derecha en genómicas, pasas cáncer y te metes en Ag Tech

Rocío Domínguez
Viernes 1 de septiembre 16:15

En su plática, Rocío nos contará de su trayectoria profesional y cómo en 2022 pivoteó su carrera e ingresó a Bayer Digital Farming Solutions como gerente de ciencia de datos en el equipo de modelado genético enfocándose en la transformación digital y científica en agricultura.

Harnessing genomics for drug discovery at Regeneron

Adrián Campos
Viernes 1 de septiembre 16:30

Adrián nos hablará sobre su posición como “associate manager in statistical genetics” para el centro de genómica de regeneron (RGC por sus siglas en inglés) y de cómo el RGC utiliza la genómica humana para apoyar el descubrimiento y desarrollo de nuevos medicamentos.

La comunidad científica como un agente de cambio en la sociedad civil

Alejandra Zayas
Viernes 1 de septiembre 16:45

Ingresar a Genómicas implica hablar de estudiantes multidisciplinarios, con un interés común y una gran diversidad de habilidades y contextos. Si bien generar conocimiento a través de la labor científica es una gran aportación social, aplicar nuestra formación para colaborar como parte de la sociedad civil enfrentando desafíos actuales multidisciplinares del país también es opción. ¿Cómo colaborar desde la comunidad científica en formar una ciudadanía con pensamiento crítico, cuya toma de decisiones se base en información y acción ante los retos de su entorno? ¿Cómo participar en las mejoras educativas que requiere el país para lograrlo? En esta ocasión compartiré ejemplos de acciones con éste enfoque, y particularmente mi experiencia a lo largo de doce años en el Programa Adopte Un Talento AC (PAUTA), ONG que busca impulsar con equidad y excelencia el talento para las matemáticas y las ciencias en la niñez y adolescencia mexicana, mediante talleres para desarrollo de habilidades, actitudes y aptitudes científicas, y capacitación a docentes para replicar esta labor desde clubes de ciencia escolares. Esta labor, más allá de “dar clases”, ha sido un proceso de formación pedagógica, de procesos organizacionales y de vinculación ciencia-sociedad, que han hecho sinergia con la formación académica en la búsqueda de una sociedad civil mexicana mejor preparada. Los retos actuales: ¿cómo lograr un mayor impacto de estas acciones y cómo generar mejores oportunidades de carrera para personas que comparten este interés y potencial para lograrlo?